Il territorio bagnolese occupa una superficie pianeggiante di 34,9 Km² e i Comuni limitrofi sono Tribano, Anguillara Veneta, Conselve, Arre e Agna. L’area in epoca romana fu interessata da opere di bonifica e divisione agraria ed era attraversata e coinvolta dal tracciato della via Annia.


Il nome di Bagnoli, menzionato per la prima volta al singolare in un atto di donazione datato 30 gennaio 954 d.C., deriva dal latino Balneolum (bagno) e allude ad un luogo di acquitrini.


Nel documento sopracitato Almerico II, marchese e duca dei Longobardi, donava ai monaci Benedettini di Brondolo, presso Chioggia, quasi per intero la “curte” costituita dai villaggi di Bagnolo e Visignolo (l’odierna San Siro).
 

L’indicazione al plurale di Bagnoli (Bagnoli de Supra e Bagnolo de Subtus) compare in un atto del 1165 ed era anticamente necessaria per distinguere la zona occupata dalla chiesa parrocchiale (San Daniele a Bagnoli de Supra) da quella monasteriale (San Michele a Bagnolo de Subtus).
I monaci realizzarono opere di bonifica, consolidando argini e costruendo strade: ogni boaria era contraddistinta dal nome di un Santo, nomi usati ancora oggi.
Nel 1424 ai Benedettini di Brondolo subentrarono i Canonici Regolari (agostiniani) di Santo Spirito il cui monastero si trovava a Venezia.  Nel 1656 lo Stato Pontificio mise all’asta i beni che appartenevano alla congregazione religiosa agostiniana che si trovavano nel territorio di Bagnoli per finanziare la guerra contro l’invasione Turca. Fu la Famiglia dei Conti Widmann di origine carinziana ad acquistare l’ampio possedimento. Nel Settecento Bagnoli divenne così un centro di scambi culturali e ospitò esponenti della nobiltà veneziana  e artisti tra cui Carlo Goldoni. Nel 1856 il conte Giovanni Widmann vendette la tenuta di Bagnoli al principe francese Pietro d’Arenberg.  Dopo il 1867, anno dell’Unità d’Italia,  Bagnoli di Sopra, Bagnoli di Sotto e San Siro vennero un ificate nell’unico Comune di Bagnoli di Sopra che divenne così il centro attorno alla quale gravitava l’economia, la religione e la cultura. Nel 1917 la tenuta di Bagnoli fu acquistata dalla famiglia Borletti.